Более двух лет, начиная с 15 июля 2007 года, со дня смерти бессменного председателя Г. Крючкова, Совет Церквей ЕХБ не имел нового предстоятеля. Руководство объединением осуществлял (по сообщению одного из изданий братства) «узкий круг служителей».

В январе 2008 обозначенный узкий круг выбрал из себя ответственного. Им стал Николай Антонюк, ранее отвечающий за Кавказское объединение СЦ. И лишь теперь, 10 октября 2009 года это избрание подтвердил общебратский съезд. Таким образом, Совет церквей обрел нового председателя.

Братство Совета церквей считается самым консервативным и достаточно закрытым от внешнего мира ответвлением баптизма. Образовавшееся в результате отделения от ВСЕХБ, инициативное движение (как его называли), начиная с 1961 вплоть до 1988 года. на территории действовало СССР нелегально. Верующие, не смотря на запреты властей, водили на Богослужения своих детей, собирались в частных домах, активно проповедовали Евангелие и подпольно издавали христианскую литературу. Безбожная власть жестоко преследовала «инициативников». Их разгоняла милиция, за ними следил КГБ, самых активных власть лишала свободы.

Пожалуй наиболее ярким представителем преследуемого братства был Николай Петрович Храпов, автор знаменитой трилогии «Счастье потерянной жизни». В общей сложности в советских застенках этот Божий служитель провел более 28 лет. Непревзойденный авторитет Николая Храпова еще более укрепился после того, как стало известно о том, что он умер, так и не выйдя на свободу. Это случилось в 1982 году в лагере усиленного режима на Мангышлаке.

Братьям-сподвижникам Н.П.Храпова, трудящимся в подполье, повезло (если это слово можно употребить) несколько больше. Петр Румачик, Михаил Хорев, Георгий П. Винс, Владимир Зинченко, Евгений Родославов и многие другие (в общей сложности около 700 человек), отсидев большие и не по одному разу сроки, все же вышли на свободу. Вполне заслуженно считается, что относительное послабление притеснений верующих в СССР стало возможным именно благодаря постоянному жертвенному сопротивлению незарегистрированных общин, возглавляемых Советом Церквей ЕХБ.

Так называемые «регистрированные» баптисты с благодарностью пользовались литературой, отпечатанной в подполье «отделенными» или же переправленной с их помощью контрабандными путями из-за рубежа. В основном это были Библии, Новые заветы и нотные сборники духовных песен.

Лишение свободы не могло сломить веру братьев и сестер, ослабить их любовь к Слову Божьему. В тюрьмах, на лесоповалах под страхом дополнительных карательных мер, узники переписывали библейские тексты от руки, на память – кто, сколько мог вспомнить. Семьи осужденных, по большей части многодетные, страдали от разлуки с отцами и мужьями, но оставались верными в своем уповании на Бога.

В какой-то степени объяснимо, что при таких условиях в братстве не был выработан механизм смены руководства. Отчасти это связано еще и с тем, что более 40 лет Советом Церквей бессменно руководил один человек. Это иногда приводило к недопониманию среди служителей, и как следствие, дальнейшему разделению некогда сплоченных церквей. Многие испытанные, богобоязненные и талантливые служители Божьи вышли из отделенного братства и организовали новые церкви (или даже союзы). Лишь после смерти Геннадия Крючкова впервые за долгие годы встал вопрос о приемнике. Так или иначе, но для принятия окончательного решения по вопросу о новом председателе Совету Церквей потребовалось более двух лет.

Несмотря на крушение атеистической власти и наступившую (хоть и относительную) свободу вероисповедания на постсоветском пространстве, большинство общин СЦ по-прежнему избегают любой регистрации, считая, что регистрация противоречит принципу независимости церкви от государства. Это, тем не менее, не препятствует активному благовестию миссионеров, которые уделяют особое внимание народам севера и Дальнего востока.

Вновь избранного руководителя СЦ минула скорбная чаша неволи, он – представитель более молодого поколения служителей, более того, – выходец из семьи «регистрированных» баптистов. Тем не менее, Н. Антонюк получил «образование» у преподавателей, прошедших горнило испытаний. У Николая Степановича многодетная семья, в которой неплохо прижились и несколько адаптированных из детских домов детей.

В заключение нужно отметить, что Председатель Совета Церквей станет главой достаточно многочисленного братства. Особенностью Объединения является неделимость его по принципу государственных границ. Таким образом, церкви, входящие в структуру СЦ имеются во всем мире, включая и так называемое «дальнее» Зарубежье.

На пост заместителя избран Геннадий Ефремов.